A 5 de Janeiro de 1361, no reinado de D. Pedro I, Lagos passa a Vila e Concelho com jurisdição própria. Até esta data estava sob o comando do Bispo de Silves que o havia recebido por doação do rei de Castela. Lagos revela-se com bastante importância, em 1415, no reinado de D. João I, em virtude dos Descobrimentos Portugueses.

Os lacobrigenses, Lourenço Gomes e António Gago partiram de Lagos à descoberta de novas paragens, tendo em 1419 descoberto a Ilha da Madeira. De Lagos partia também, mas em 1434, no reinado de D. Duarte, o navegador Gil Eanes, para dobrar o Cabo da Boa Esperança.

A partir desta altura, Lagos tornava-se um ponto de escala obrigatória para quase todos os navios.

Lagos é elevada a categoria de cidade em 27 de Janeiro de 1573, pela mão do Rei D. Sebastião.